La Comisión Nacional de Sida es el órgano superior, gestor y de coordinación interinstitucional, y de formulación de políticas generales en materia de VIH y Sida creado mediante decreto legislativo 147-99 el 9 de Septiembre de 1999. En cuanto ente rector en el tema de VIH tiene el cometido de la formulación y promoción de políticas y programas nacionales relacionados con la promoción, prevención, tratamiento y mitigación del impacto de la epidemia.
La CONASIDA esta integrada actualmente por 15 miembros: 4 Secretarias de Estado, 4 entes descentralizados, 4 organizaciones de sociedad civil y 3 organizaciones gremiales y del sector privado. La presidencia esta a cargo de la Secretaria de Salud y su Secretariado es el Programa Nacional de Sida.
Entre las funciones mas importantes de la CONASIDA se destacan las siguientes: elaborar el ante proyecto del presupuesto de la CONASIDA y someterlo a esta para su aprobación; administrar el presupuesto asignado, mantener informados a todos los miembros de la CONASIDA de los asuntos de su competencia; presentar y validar propuestas y recomendaciones a la CONASIDA para el diseño o formulación de políticas, programas o proyectos en materia de VIH, sida, enfermedades de transmisión sexual y tuberculosis; coordinar, monitorear y evaluar las decisiones que haya adoptado la CONASIDA; presentar un informe semestral de las actividades realizadas.